После выхода в свет великого труда Везалия разразилась давно назревавшая буря. Ярый галенист Сильвий, не скрывая возмущения, пишет открытое письмо Карлу V, в котором называет Везалия «гордецом, клеветником, неучем, святотатцем, чудовищем невежества, неблагодарности, наглости, чумное дыхание которого заражает Европу» и просит «жестоко побить и вообще обуздать».
Сильвий и его ученики выступили против Везалия единым фронтом. Однако Сильвий не ограничился оскорблениями — он написал резкий памфлет «Опровержение клеветы некоего безумца на анатомические работы Гиппократа и Галена, составленные Яковом Сильвием, королевским толкователем по медицинским вопросам в Париже» (1555). В нем он высмеивает своего бывшего ученика и друга, называя его не Vesalius, а Vesanius, что на латинском языке означает «безумный», и отрекается от него.
Сдержанное и твердое письмо Везалия Сильвию сохранилось в архиве. «Мне не от чего отрекаться, — писал он. — Я не научился лгать. Никто больше меня не ценит все то хорошее, что имеется у Галена, но, когда он ошибается, я поправляю его. Я требую встречи с Сильвием у трупа, тогда он сможет убедиться, на чьей стороне правда».
Памфлет Сильвия сыграл роковую роль в жизни Везалия. Этот проникнутый злобной и ревнивой завистью документ объединил врагов Везалия и создал вокруг его непорочного имени атмосферу общественного презрения среди консервативного лагеря тогдашних ученых медиков. Везалия обвиняли в непочтительном отношении к учениям Гиппократа и Галена, которые, хотя и не были канонизированы всемогущей тогда католической церковью, но суждения их и особенно авторитет были почему‑то приняты как непререкаемые истины Священного писания, и возражать против них было равносильно неприятию последнего. Кроме того, Везалий был учеником Сильвия, и тот вроде как имел моральное право по-отечески его критиковать. Однако Сильвий не бескорыстно отстаивал авторитет Галена. Везалий уничтожал и его самого, так как знания Сильвия покоились на тщательно изученных и передаваемых ученикам текстах классиков медицины.
Памфлет Сильвия нанес смертельную рану Везалию, от которой он уже не оправился, и привлек внимание инквизиции. Доведенный до отчаяния, ученый сжег все свои рукописи и материалы, собранные для дальнейших публикаций